Nach dem ersten Spatenstich am 1. Oktober 1996 und der Elektrifizierung des Gleises 51 (Bahnsteig 4 - Richtung Dürrröhrsdorf) als Vorlaufmaßnahme begannen am 1. September 1997 die Arbeiten für den viergleisigen Ausbau mit dem Umbau der Gottleubabrücke im Bahnhofsbereich Pirna. Dort wurden die ausgedienten Brückenteile durch Stahlbetonwiderlager und Überbauten als Walzträger in Beton ersetzt und gleichzeitig nicht mehr benötigte Teile abgebrochen. Die Inbetriebnahme der auf den neuen Brückenteilen montierten S-Bahngleise erfolgte im November 1998, der Fernbahngleise mit der Fertigstellung des Bahnhof Pirna. Zeitgleich startete an der Nordseite des Bahnhofes der Bau des elektronischen Stellwerkes (ESTW). Dieses steuert seit seiner Fertigstellung im Juli 1998 den gesamten Abschnitt zwischen Kurort Rathen und Dresden-Reick.

Es erfolgte der Wiederaufbau des bis 1946 vorhandenen zweiten Gleispaares. Dazu war die Anpassung der Gleis- und Weichenzone im Bahnsteigbereich sowie die Wiederauslegung der durchgehenden Hauptgleise neben den bestehenden Streckengleisen erforderlich. Es wurden außerdem Trassenverbesserungen durchgeführt und die Güterzuggleise neu an die durchgehenden Hauptgleise angeschlossen. Alle umzubauenden Gleise erhielten Schutzschichten und ein geschlossenes Entwässerungssystem. Des weiteren erfolgten ein Erneuerung bzw. Anpassung der Stützmauer im Einfahrbereich aus Richtung Kurort Rathen und der Umbau einer Brücke über die Rosa-Luxemburg-Straße. Dort ersetzte man die vorhandenen Stahlüberbauten durch Walzträger in Beton.

Ferner wurden der Hausbahnsteig (3) den geltenden Regeln für den S-Bahn-Betrieb angepaßt und der Inselbahnsteig (1,2) mit den zugehörigen Gleisen an versetzter Stelle neu errichtet. Die Bahnsteighöhe beträgt nach den Umbauarbeiten einheitlich 55 cm, so daß die S-Bahn-Wagen ebenerdig bestiegen werden können. Der neue Inselbahnsteig erhielt ein neues Bahnsteigdach, das sich zwischen und über den beiden Treppenanlagen erstreckt. Es ist mit seitlichen Glaswänden an den Treppenaufgängen sowie an der Dachkonstruktion versehen. Mit dem Aufbau des neuen Wegeleit- und Fahrgastinformationssystems der DB AG wird erstmals der Weg zu einem einheitlichen Orientierungsschema beschritten. Drei Farbelemente blau - grau - gelb sorgen für den Durchblick. Ein behindertengerechter Aufzug gehört zur neuen Ausstattung des Inselbahnsteiges.

Der neue Inselbahnsteig ist fast fertig im Juni 2000

Der Bahnhof mit dem Inselbahnsteig vor dem Umbau

Alte Schwellen im Güterbereich des Pirnaer Bahnhofs warten auf ihren Abtransport